医院神经外科为江苏省临床医学重点专科，硕士、博士学位授予点，近年来获江苏省医学新技术引进奖一等奖1项、二等奖6项，江苏医学科技奖二等奖1项，江苏省科技进步奖三等奖1项，南京市科技进步奖三等奖1项，承担国家自然科学基金研究项目4项，江苏省自然科学基金1项、南京市科研课题多项。
学科近几年在神经肿瘤诊治方面取得了长足的发展。为进一步提升神经肿瘤诊疗质量，神经外科12C病区联合肿瘤科、神经内科、内分泌科、放疗部、影像科等科室成立了神经肿瘤多学科协作诊疗中心，本中心旨在循证医学基础上为肿瘤患者提供综合、全面、以病人为中心的诊断治疗新模式。并有计划、合理地运用各相关学科的诊断治疗方法，确定出科学、合理、规范的个体化治疗方案，以期提高肿瘤的治愈率、改善患者的生活质量及延长生存时间。目前本中心。现有医师10人，其中主任医师5人、副主任医师5人，教授2人、副教授8人。主要治疗胶质瘤、脑膜瘤、神经鞘瘤、垂体瘤、椎管肿瘤等疾病。我科现拥有多台国际先进的高清手术显微镜、高清神经内窥镜系统、神经导航系统、神经电生理监测系统、术中皮层电极、Leksell立体定向仪和CUSA等，为神经肿瘤微创手术奠定了坚实的基础。
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