近日,GPB在线发表了北京市神经外科研究所、首都医科医院江涛教授团队题为“ChineseGliomaGenomeAtlas(CGGA):AComprehensiveResourcewithFunctionalGenomicDatafromChineseGliomas”的数据库文章,我们的“要文译荐”栏目很高兴邀请到文章共同第一作者赵征博士、张克难博士和王强威博士为大家系统介绍有关中国脑胶质瘤基因组图谱数据库的数据资源、在线数据可视化分析工具以及该数据涉及的原始数据共享等最新情况。
要点介绍
研究问题:
中国脑胶质瘤基因组图谱(ChineseGliomaGenomeAtlas,CGGA)数据库的构建及其应用。
研究背景:
为了推动中国脑胶质瘤基础与临床医学研究,年,江涛教授团队开始着手构建中国人群脑胶质瘤生物样本库并持续追踪患者随访。年,依托于北京市神经外科研究所、首都医科医院,江涛教授团队发起了“中国脑胶质瘤基因组图谱计划”。年,历经十五年的样本与信息收集以及功能组学数据测定,江涛教授团队构建了国内首个脑胶质瘤功能基因组学数据库——CGGA数据库。该数据库包含来自中国人群的余例原、复发脑胶质瘤多维组学数据和完备的临床信息资料。目前,数据库已存储并共享了全外显子组测序数据(例)、全转录组测序数据(例)、全转录组芯片数据(例)、DNA甲基化芯片数据(例)、小RNA芯片数据(例),以及详细患者临床资料(例如年龄、性别、放化疗信息、WHO等级、组织病理学分级、分子病理信息以及生存信息等)。此外,数据库针对不同组学数据特点,开发了多个数据可视化在线分析工具。CGGA数据库的建立填补了中国脑胶质瘤信息资源库的空白,同时也为我国脑胶质瘤的基础与临床研究提供了重要的信息资源平台。
主要结果1:
构建了全面的脑胶质瘤外显子组、转录组、表观遗传组等多组学信息库。
主要结果2:
提供了完备的脑胶质瘤临床信息、组织病理和分子病理等重要信息资源。
主要结果3:
开发了数个针对特定组学数据的可视化在线分析工具。
数据库链接:
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