磁共振检查软组织分辨率高，对中枢神经系统、腹部及盆腔、乳腺、关节、肌肉等部位病变显示清楚。
磁共振可行多方向扫描，尤其在检查头顶、颅底部等靠近骨壁的脑组织时，无骨伪影的干扰。颅内病变的诊断磁共振检查明显优于CT检查。磁共振可以对病变的组织结构进行分析，做出正确的诊断。
右侧大面积急性梗塞
同病人的CT检查对比，CT仅显示小的腔隙性脑梗塞病灶
脑膜瘤
同一患者CT图像对比
左侧乳腺癌磁共振平扫
左侧乳腺癌蒙片
左侧乳腺癌增强对比
胆管细胞癌CT图像
同一患者磁共振病灶显示更为清楚。
左肾高密度影
磁共振显示为囊肿合并出血
磁共振颈部扫描可以清楚的显示淋巴结及血管。但甲状腺磁共振相对分辨率较差，定性诊断困难，故甲状腺检查应首选彩超。如果观察淋巴结转移情况，或甲状腺肿瘤周围侵犯情况，可选择磁共振及CT检查。
甲状腺CT扫描
甲状腺MRI平扫
磁共振对肺部显示效果欠佳，故首选CT。
急性脑外伤应首选CT检查。
CT证实右侧硬膜下出血
右侧硬膜下出血磁共振T2WI
右侧硬膜下出血MRI
目前没有一种影像学检查方法可以对所有的疾病做出明确的诊断，合理的选择检查方法，有利于疾病诊断，同时降低了检查费用。
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